1.负责组织编制并实施水资源保护规划，统筹生态环境用水，指导河湖生态流量水量管理、地下水资源管理保护。组织实施最严格水资源管理制度。负责重要流域、区域以及重大调水工程的水资源调度。

2.负责全面推行河湖长制工作，负责指导重要江河水库的保护、水域及其岸线的管理保护、河库水生态保护与修复，指导河库健康评估工作。

3.指导江河水库及河口的治理和保护，指导河道水生态保护与修复工作。指导水库的运行管理，指导饮用水水源保护有关工作，指导农村饮水安全工程建设与管理工作。

4.负责指导建设项目水土保持监督管理，组织实施水土保持监测并公告，组织编制水土保持规划，指导国家水土保持重点工程实施。

5.参与水功能区划和入河排污口设置管理。配合参与涉水环境突发事件应急处置工作，组织实施应急水量调度工作。

6.负责本领域内生态环境损害赔偿的具体工作。